Tehnopoli meeskond on jagatud valdkondade kaupa kolmeks: Äriarendusteenuste ja turunduse osakond tegeleb Tehnopoli klientettevõtetele äriteenuste, Startup Inkubaatori teenuste pakkumisega ning turundustegevuste koordineerimisega. Kinnisvara ja infrastruktuuri osakond tegeleb kinnisvarateenuste müügi, haldamise ja arendamisega. Administratsioon tegeleb finantsjuhtimise ja raamatupidamisega.
Tehnopoli juhib ja esindab juhatus, kes korraldab firma igapäevategemisi, arengut ja turundustegevust. Muuhulgas koordineerib juhatus Tehnopoli klientettevõtete valikuprotsessi.
Tehnopoli strateegiline juhtimisüksus on nõukogu, kes planeerib sihtasutuse tegevust, organiseerib selle juhtimist ning teeb järelevalvet asutuse tegevuse üle. Nõukogu kinnitab Tehnopoli arengustrateegia, aastaplaanid ja eelarved. Nõukogu koosneb kaheksast liikmest: majandus- ja kommunikatsiooniministri määratud neli esindajat, Tallinna Linnavalitsuse kaks esindajat ning Tallinna Tehnikaülikool kaks esindajat.